В *-nix в настоящее время наиболее часто используется utf-8 и если вы получаете архивы из иных систем, то после разархивирования имена файлов часто состоят из знаков вопроса. Для конвертирования в понятые символы есть хорошая утилита convmv, которая приведёт кодировку файлов к читаемому виду.
Для Ubuntu утилита есть в репозиториях. Установка проста:
sudo apt install convmv
Ключи:
-r — рекурсивно;
-f — начальная кодировка;
-t — новая кодировка;
—notest — записать изменения (без этого ключа не будут записаны файлы)
convmv -r -f koi8r -t utf-8 /dir_name
convmv -r --notest -f koi8r -t utf-8 /dir_name